在前作中，雷门十一人成功达成了找回真正的足球的“革命”。在神圣之路大赛后，主角松风天马为了教孩子们足球而来到了冲绳。当活动结束后，回到雷门的天马在那目击到不得了的异变...！ 在神圣之路得到优胜，应该是回到了和平的生活中，忽然出现了被称为最终协议〈プロトコルオメガ〉的足球队。 从两百年后的未来出现的他们，其目的就是要把足球运动从这个世界上抹消掉。当天马被压倒性的力量打得落花流水的时候，出现了一位谜之少年“菲(フェイ)”伸出了援手。 天马他们为了要阻止足球消失，展开了穿越时空的冒险旅程。“穿梭过去与未来的冒险剧”正式开始！！
闪电TM穿梭巴由时光机改造而成，只要有想要去的地方才有的物品，就可以穿越时空。是一个好机器！融合之枪在一个人的肉体上，把另一个人的灵魂寄宿上去，集合两人的力量诞生出新的选手。通过这支融合之枪就可以做到。球型装置可收缩为只有红色的圆片。黄金国(白色)，札纳克(红色)和完美联合(蓝色)所使用的足球型多功能装置，表面有七个各有功能的圆形，红色为时空移转模式、蓝色为移动模式、青色为场地制造模式、黄色为心智控制模式、橘色为攻击模式、绿色为制服模式、紫色为封印模式。霸者的圣典菲等人所在的200年后的世界中，Master D(圆堂大介)的所持有之物，记载著存在於各时空最强11人的书。
黄金国200年后的世界中，有一群小孩将足球拿来当战争工具来使用，令许多大人畏惧，从而选出代表全世界的组织「黄金国」。是由少数几名年长者所组成，为了将可能毁灭世界的工具「足球」从历史中消除而派出阿尔法（α）、贝塔(β)、伽玛(γ)等人去进行时空跳跃。时空之石（クロノストーン）受到奥米加协议队的影响，封印圆堂大介和圆堂守的石头。圆堂大介为橘色六角形，圆堂守为紫色三角形。化身武装（けしんアームド）召唤岀化身后，念出武装（アームド）进而将化身附著於身体上，虽然有时效限制但能够更有效地利用化身的力量。平行世界的共振现象天马等人为了阻止足球的历史被窜改而进行的战斗中，会发生的现象，此现象是由於平行世界的其他同一个人所互相造成的影响，比如说：中学时期的圆堂守能提早使用神之手和化身。极限合体是以两人能够相融为前提，在此基础上开始融合同时又必须得承受得住对方的灵气。目前能够极限合体的人除了菲与霸王龙、天马与修、优一与京介、神童与信长、雾野与贞德、太阳与孔明、信助和刘备、锦龙马和坂本龙马、京介和总司、扎纳古和曹操之外没有任何人能够极限合体，另外进行极限合体的人似乎能使用被吸收灵气的人的化身，原因是因为吸收他人的灵气就等於是拥有了被吸收灵气的人的气场的缘故（例如扎纳古和曹操进行极限合体后发动了曹操的化身「刚力的玄武」、太阳和诸葛孔明进行极限合体后发动了孔明的化身「苍天的霸者 玉龙」）。
克拉克旺达巴特〈クラークワンダバット〉 声：【吉野裕行】 通称“汪达巴〈ワンダバ〉”，担任TENMAS的教练。会开着闪电TM小巴士来帮助天马他们取回足球的存在。阿尔诺博士 时间机器的发明者！？ 全名为克洛斯沃尔德阿尔诺博士，他是提出多重时间理论，同时也发明了时间穿梭机的未来科学家，因为黄金国的魔爪已经向他伸来，来到天马现在所处的这个时空中。织田 信长 战国的霸者 战国时代魅力的存在。目标是夺取天下。经常在周边活动，作为人类拥有很大的器量。木下 藤吉郎 即后世的丰臣秀吉。对信长有着很大的憧憬。在战国时代是天马他们很要好的 交心朋友。贞德 法兰西的救世主 法兰西的救世主拯救法兰西的少女。个性温柔，但也有坚强的一面，而温和的性格造成自己十分没有自信。就在这时和雾野相遇了...查理7世 疑神疑鬼的王子 疑神疑鬼的王子法兰西的王太子但性格却很容易怀疑别人。在不一般的巧合中与天马一行人偶遇，从而足球吸引了。刘玄德（刘备） 三国志的英雄 后期率领蜀地人民的英雄之一。目标是能建立一个人民能和平生活的国家。 诸葛孔明实际上是女性！？ 天才军师。有着沉着冷静且让人捉摸不定的性格。被刘备邀请助他一臂之力...坂本龙马 幕府后期的风云人物 为了日本的能建成一个强国而到处奔走。就像身体那般心胸宽广和自由奔放。冲田总司 病床的天才剑士 虽然是新选组的天才剑士但是现在卧病在床。带着守护好幕府的强烈信念，对坂木龙马进行讨伐。东辰养育东武的父亲！？ 东武的父亲。名称风神翼龙的翼龙。将东武培养得能够独当一面。比格 和天马他们相遇的恐龙亲子 洛克星是住在兽之谷的恐龙们的老大。用东武的话来说就是“是个不错的朋友”...而比格就是它的孩子。亚瑟王统治柯莱特的王 故事的世界“柯莱特”的王。勇气与执行力兼有的聪明的人物。王者之龙守护柯莱特的贤者 拥有贤者的智慧高洁的龙。被黑色骑士所操纵...
时空最强十一人 时空最强十一 人是圆堂大介想出来的，这十一人分别有着不同优秀的特质。一开始大介觉得要集齐时空最强十一人是不可能的事情，但是菲鲁指出可以透过融合之枪获得时空最强十一人的能力，再去找适合的人融合这个能力。（详细请看闪电十一人go时空之石11集）
第一个
特质：认清对手 认清大局 动中有静 以静制动 实打实干的队长
代表人物：织田信长
获得能力的人：神童拓人
第二个
特质：鼓舞伙伴的勇气 能化作铜墙铁壁的超凡魅力后卫
代表人物：圣女贞德
获得能力的人：雾野兰丸
第三个
特质：能用连未来都能一样看透的情报分析能力直插敌方的要害的见缝插针无比的中场
代表人物：诸葛孔明
获得能力的人：雨宫太阳 白龙
第四个
特质：治理大国的能力 拥有坚韧的行动力和能动力 防守严密的守门员
代表人物：刘备
获得能力的人：西园信助
第五个
特质：宽阔似海的胸襟 化作维系攻防的桥梁的超级技术的中场
代表人物：坂本龙马
获得能力的人：锦 龙马
第六个
特质：有如电闪雷鸣般冲刺的速度 电光火石的影锋
代表人物：冲田总司
获得能力的人：剑城京介
第七个
特质：能灵活自如的运用空间 拥有绝对制空权的弹跳后卫
第八个
特质：深藏不露的太古力量 牙尖嘴利地连海都能劈开的生力中场
代表动物：霸王龙
获得能力的人：菲・鲁恩
第九个
特质：同时具备兽性凶暴和贤者智慧的梦幻锋卫 :黄菜花
第十个
特质：能以绝对性的勇气和毫不动摇的能动性 让大地都以他为伴的中场王者 ：天马
第十一个
特质：能凭借炽热的热风怒号和剧烈震动的雷鸣之力贯穿一切的多面手：扎纳多
第一种力量：织田信长
拥有能力：真实的中场指挥官——看清别人，并且看清一切大局，灵活地兼用静与动。
代表人物：神童 拓人 （背号：9）——必杀技：刹那推进
【神童的化身：奏者玛耶斯特罗——必杀技：和谐音波、与天马和剑城的合体化身：魔帝葛利芬——必杀技：火炎之剑】
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第二种力量：圣女贞德
拥有能力：超凡魅力的后卫——呼唤起同伴的无限勇气，化作铁壁般的防守。
代表人物：雾野 兰丸 （背号：3）——必杀技：战火
【雾野的化身：战旗士布伦希尔德——必杀技：瓦尔基里之旗】
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第三种力量：诸葛孔明（诸葛亮）
拥有能力：正确无比的中场球员——连未来都能一眼看透，情况分析能力能直插敌方要害。
代表人物：雨宫 太阳 （背号：18）——必杀技：天地雷鸣
【太阳的化身：太阳神阿波罗——必杀技：闪耀之力、诸葛孔明（诸葛亮）的化身：苍天的霸者 玉龙——必杀技：落雷风暴】
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第四种力量：刘玄德（刘备）
拥有能力：铁壁般的守门员——拥有治理大国的能力，强韧的行动力和实行力。
代表人物：西园 信助 （背号：20）——必杀技：大国讴歌
【信助的化身：护星神泰坦尼亚斯——必杀技：魔神之掌】
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第五种力量：坂本龙马
拥有能力：拥有超凡技术的中场球员——以宽阔似海之心，化作维系攻防的桥梁。
代表人物：锦 龙马 （背号：14）——必杀技：黑潮驾驭
【锦的化身：战国武神武藏——必杀技：武神连斩】
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第六种力量：冲田总司
拥有能力：电光石火的神速前锋——有如闪电般敏捷切入的速度。
代表人物：剑城 京介 （背号：10）——必杀技：菊一文字
【剑城的化身：剑圣兰斯洛特——必杀技：失落天使、与天马和神童的合体化身：魔帝葛利芬——必杀技：火炎之剑】
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第七种力量：风神翼龙·托强（父亲的日文读法）
拥有能力：拥有绝对制空权的弹跳后卫——能自由自在地运用空间。
代表人物：东武 （背号：21）——必杀技：古代之翼
【东武的化身：太古的战士贾格沃克——必杀技：猎人之枪】
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第八种力量：霸王龙·毕古
拥有能力：活力的中场球员——拥有深藏不露的太古力量，牙尖锐利的连海都能劈开。
代表人物：菲·鲁恩 （背号：11）——必杀技：王者之牙
【菲的化身：光速斗士罗宾——必杀技：满月重击、杜普里——必杀技：绝赞胸肌、分形鬼楼】
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第九种力量：王者之龙（天王巨龙）
拥有能力：梦幻的自由人——同时具备野兽的凶猛和贤者的头脑。
代表人物：菜花黄名子（背号：78）——必杀技：黏黏呼呼幻象
【黄名子的化身：晓之巫女 天照——必杀技：光轮之箭】
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第十种力量：亚瑟王
拥有能力：王者中场——拥有绝对的勇气与毫不动摇的实行力，让大地都以他为伴。
代表人物：松风天马 （背号：8）——必杀技：王者之剑、最强十一人波动
【天马的化身：魔神佩加沙斯→进化化身：魔神亚克佩加沙斯——必杀技：正义飞翼、与剑城和神童的合体化身：魔帝葛利芬——必杀技：火炎之剑】
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第十一种力量：巨大台风·克莱拉珍恩
拥有能力：贯穿一切的全能型选手——能使用灼热的热风与剧烈震动的雷鸣之力。
代表人物：扎纳克·阿巴洛尼库（背号：99）——必杀技：位于伟大顶点的我
【扎纳克的化身：魔界王佐狄亚克——必杀技：红色监狱、曹操的化身：刚力的玄武——必杀技：正拳龟甲波】
特质：认清对手 认清大局 动中有静 以静制动 实打实干的队长代表人物：织田信长获得能力的人：神童拓人 特质：鼓舞伙伴的勇气 能化作铜墙铁壁的超凡魅力后卫代表人物：圣女贞德获得能力的人：雾野兰丸 特质：能用连未来都能一样看透的情报分析能力直插敌方的要害的见缝插针无比的中场代表人物：诸葛孔明获得能力的人：雨宫太阳（动画版以及游戏 热风） 白龙（游戏 雷鸣） 特质：治理大国的能力 拥有坚韧的行动力和能动力 防守严密的守门员代表人物：刘玄德获得能力的人：西园信助 特质：宽阔似海的胸襟 化作维系攻防的桥梁的超级技术的中场代表人物：坂本龙马获得能力的人：锦 龙马 特质：有如电闪雷鸣般冲刺的速度 电光火石的影锋代表人物：冲田总司获得能力的人：剑城京介 特质：能灵活自如的运用空间 拥有绝对制空权的弹跳后卫代表动物：东辰（翼龙）获得能力的人：东武 特质：深藏不露的太古力量 牙尖嘴利地连海都能劈开的生力中场代表动物：比格（霸王龙）获得能力的人：菲·鲁恩 特质：同时具备兽性凶暴和贤者智慧的梦幻锋卫代表人物：王者之龙获得能力的人：菜花黄名子 特质：能以绝对性的勇气和毫不动摇的能动性 让大地都以他为伴的中场王者代表人物：亚瑟王 获得能力的人：松风 天马 特质：能凭借炽热的热风怒号和剧烈震动的雷鸣之力贯穿一切的多面手代表物质：巨大台风克拉拉J获得能力的人：扎纳克
松风天马 化身： 魔神天马 雷弧 必杀技： 正义之翅 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 修（曾经）、亚瑟王 必杀技： 王之剑、最强十一人波动（菲·鲁恩、剑城京介） 声：【寺崎裕香】本作的主角。雷门中学的MF，最喜欢足球的少年。能够像是一阵微风一般牵引人和人之间，就像是雷门中学的支柱一样。在神圣之路的决战之后，虽然被指派担任了队长。 必杀技： 奇迹陷阱、攻击跳动、真·马赫之风、攻击跳动改、极限月兔（菲·鲁恩）、神威凛风 菲· 鲁恩 化身： 光速斗士 罗宾 必杀技： 满月奔袭 特殊技：化身武装最大极限融合： 霸王龙、比格 必杀技： 古代之牙、王者之牙（融合比格）、最强十一人波动（松风天马、剑城京介） 声：【木村亚希子】为了阻止想要抹消足球的人们，从200年后的未来出现。与天马一起组成了叫做“TENMAS〈テンマ－ズ〉”的队伍，迎战来自未来的刺客们！ 必杀技： 月兔、极限月兔（松风 天马） 剑城 优一 最大极限融合： 剑城京介 必杀技：死亡坠落化身： 魔战士 潘多拉贡 特殊技： 化身武装 声：【前野智昭】剑城京介的哥哥。忽然出现在天马眼前的他，似乎跟天马他们所认识的优一有些不太一样，到底他发生了什么事呢！由于阿鲁法的出现，导致了优一去了海外深研足球，而京介则放弃了喜欢的足球，在第4话中和京介融合，获得了重要的一分，战胜了“欧米伽协议”而恢复了时空的更改。円堂守(中学) 化身： 魔神 格雷特(Great) 必杀技： 魔神格雷特之手(Great·The·Hand） 声:【竹内顺子】11年前雷门中学二年级学生,足球部的热血队长。凡事都积极地往前看。 特征是褐色的头发和戴着橘色的头巾.对朋友们很关心,因此朋友们对他也很信赖 觉得踢足球应该是件很快乐的事,总是在不经意地影响着周围的人看得懂爷爷円堂大介写的究极奥义的人,很喜欢爷爷。最喜欢的地方是闪电町铁塔,总是在那里特训。曾被豪炎寺修也称为不管摔倒几次都会再爬起来,而且每爬起来一次,就比以前更强的最强的人。不管是队友还是对手,都想快乐地和对方尽情地踢足球,享受足球的乐趣，现成为雷门中学的监督。被贝塔变为时空之石。 必杀技： 神之手、神之手V、亿万吨头槌，（原部的有神之手，魔神之手，正义的铁拳，愤怒的铁锤，异次元之手，神之捕获等） 神童拓人 最大极限融合： 织田信长 必杀技： 刹那推进 化身： 领奏者 马耶斯特罗（奏者大师） 特殊技： 化身武装 声：【斋贺光希（旧译名：斋贺弥月）】留着一头灰色的蓬松短发，为神童财阀的少爷。虽然看起来个性冷酷，但其实是装出来的，实际上是个深情而且爱哭的人。也因为队长的压力很大，而会表现出他纤细的一面为率领名门球队雷门足球队的天才比赛指挥官，拥有「神托之人」的称号，也被称为演奏球场协奏曲的男人。与雾野从小学就认识并且彼此间的默契相当好。带领雷门十一人接受剑城带领的黑色骑士团的挑战后，化身能力得到觉醒。后与円堂监督一起展开对战第五部门的革命，对队伍责任心很重。喜欢听古典音乐。 必杀技: 神之指挥棒、极强音奏、和谐音波、奥林匹斯圣歌、神之指挥棒FI 雾野兰丸 化身： 战旗士 布伦希尔德 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 圣女贞德 必杀技： 战火 声：【小林优】粉红色头发且留着双马尾，长相秀气而且踢法也相当美丽，常让人以为他是不是女孩子。但本人讨厌被当成女性，讲讲话相当男子气。和神童从小学就认识，两人的感情相当好并且很支持他，有时也担任他的聊天对象。对于天马，因为让他一直所踢的足球方式被否定而不太喜欢他。 必杀技： 暗沉迷雾 剑城京介 化身： 剑圣 兰斯洛特 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 冲田总司 必杀技： 菊一文字、最强十一人波动（松风天马、菲·鲁恩） 声：【大原崇】拥有相当的足球天赋，是拥有恐怖力量的迷之少年。但是，却对足球十分憎恨。能够使用“化身”。 认为是因为自己的原因而使自己的哥哥无法踢球，为了庞大的手术费用而听从“第五部门”的指示，在替代离开的南泽穿上10号球衣。一直会说“我要击溃你们的足球”！在闪电十一人GO第17话的时候应为哥哥的一席话和天马对足球的执着醒悟了。 必杀技： 死亡坠落G3 恶魔爆破 锦龙马 化身： 战国武神 武藏 必杀技： 武神连斩 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 坂本龙马 必杀技： 黑潮骑 声：【岩崎了】雷门中学三年级学生。本来是个极强前锋，在转学意大利时遇到了染冈，染冈告诉锦，他做中场的话好过前锋，并被他收为徒弟，接受刻苦的特训，在闪电十一人GO在30话中，原本在意大利效力的染冈回到日本，帮助锦使出化身，后染冈再次回到意大利 必杀技： 传来宝刀 西园信助 化身： 护星神 泰坦尼亚斯 必杀技: 魔神之手 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 刘玄德 必杀技： 大国讴歌、真·大国讴歌 声：【户松遥】开朗活泼并积极向前迈进的少年。与天马一样是雷门中学一年级学生，足球部新部员。与天马关系很好。是名总是相当乐观开朗的少年。跳跃能力很强大。 必杀技： 惊天跳跃 、惊天锤击 影山辉声：【藤村步】一年级生，刚出场时想加入足球部，怕别人会因自己的伯父是影山零治的原因而不让他入部，但最终円堂还是让他入部了，但是他对足球方面完全不懂，也就是个新手，不过学习天赋很高，在一次练习中就把带球与射门都学会了。只要做就会。 必杀技： 扩展领域 三国 太一声：【佐藤健辅】雷门中三年生/GK，深受神童 拓人的信任。是雷门十一人支柱般的存在。也是他将队长的指挥权交给神童。是相当可靠的三年级GK。非常看好西园信助,希望他成为自己的接班人。 必杀技： 燃烧擒拿、盖亚之篱、不羁之手、真·神之手X、绝·神之手X 雨宫太阳 化身： 太阳神 阿波罗 必杀技： 阳光力量 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 诸葛孔明 必杀技： 天地雷鸣 声:【江口拓也】于动画33集登场，有着橘色像是向日葵般的头发。被人说是“十年难得一见的天才前锋”，也会使用化身。为了身体检查住进冬花上班的医院而因此中止踢球，不过偶尔还是会会偷跑出去踢足球。遇见前来探望剑城优一而要离开医院的天马，并且与天马进行比赛过后，祝福雷门可以赢得之后的比赛。似乎得了疾病而不能踢球本来想在对雷门的半决赛中上场，但被石户修二禁止，之后太阳对足球的想法，使得石户从他身上看到十年前的战友一之濑一哉的影子。最后于与雷门的比赛上场及使用化身攻入两分，而石户修二为他准备了医疗队。并于比赛结束后，与天马约定将来要一起在球场上踢足球。四支手腕与太阳的光轮装饰，有让人联想到奥林匹斯众神之一的阿波罗的面貌，与动画69话【时空之石22集】加入天马的雷门中学足球队。菜花黄名子 化身： 晓之巫女 天照 必杀技： 光轮之箭 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 王者之龙 必杀技： 华丽幻象、烧饼推进 声：【悠木碧】雷门中一年生/FW在陷入混乱的雷门里突然出现的谜之少女。天真烂漫的性格，有着专注于足球强烈感情。这可不是经理人，而是选手哦。在天马一行人从信长时代回归时突然出现。其实是菲的母亲。 必杀技： 磨蹭磨蹭黄粉饼 东武 化身： 太古的战士 杰拉奥克 必杀技： 猎人之枪 特殊技： 化身武装 最大极限融合： 东辰（翼龙） 声：【铃木晶子】自由奔放的野生儿在本不应该出现人类的恐龙时代遇到的少年。性格自由奔放和悠闲自得。可以和恐龙交流。